El inicio de la Universidad Nacional del Canindeyú data del 16 de abril de 2010, con la sanción de la Ley Nº 3985 «Que crea la Universidad Nacional de Canindeyú», firmada por el entonces presidente Fernando Lugo Méndez. Posteriormente se crearon las distintas unidades académicas.
La Facultad de Ciencias Veterinarias derivada de la Facultad de Ciencias Agropecuarias y Ambientales que fue creada por resolución Nº 02/2010 del Honorable Consejo Superior Universitario, de fecha 14 de octubre de 2010.
La Facultad de Ciencias Veterinarias fue creada por resolución Nº 33/2022, de fecha 11 de febrero de 2022.